Die Stadt ist zweifellos aus einer uralten Ansiedlung entstanden, wie Funde aus der Steinzeit bei Trockenlegung des Osthusumer Mühlenteichs in den Jahren 1866 und 1867, beim Bau der Eisenbahnbrücke über den Hafen im Jahre 1885 und der neuen Schleuse für die Schifffahrt 1902 ergeben. Auch in Osterende sind Urnen zu Tage gefördert worden. Die erste datierte Erwähnung in den Stadtchroniken stammt aus dem Jahr 1252. Der dänische König Abel versuchte eine neue Steuer auch in Nordfriesland durchzusetzen, die die Friesen nicht zahlen wollten. Abel zog daraufhin zu Feld, starb aber im Gefecht am Mildedamm bei Husembro (Husumbrücke).

1362 überspülte die „Zweite Marcellusflut“ oder auch „Grote Mandränke“ genannt, weite Teile der Küste. Das Land wurde zerrissen, Inseln versanken, Landstriche wurden dauerhaft unter Wasser gesetzt und Husum wurde über Nacht zur Hafenstadt. Die Husumer nutzten die traurige Gunst der Stunde und richteten einen Marktplatz ein. Waren konnten direkt aus weit entfernten Orten auf dem Schiffswege angeliefert werden und es entwickelte sich schon bald ein blühender Markt.

Schon im Jahre 1372 hatte Husum an Bevölkerung sehr zugenommen und sich bis 1398 so vergrößert, dass zwei Dörfer daraus entstanden, die bis 1431 die Namen Oster- und Wester-Husum führte. Bis zu diesem Jahr gehörten beide Orte zum Kirchspiel Mildstedt, trennten sich aber dann von diesem durch den Vertrag vom Tage St. Lukas' 1421 und begannen den Bau einer eigenen Kapelle.
1409 wird der Ortsname Husum erstmalig erwähnt.
1448 war man dann so selbstbewusst, sich von vorgesetzter Stelle, dem Kirchspiel Mildstedt zu lösen. Mit der Einweihung der ersten Kirche 1507 war die Loslösung vollendet. In jenen Jahren wuchs Husum auf gut 3.000 Einwohner und entwickelte sich zum wichtigsten Hafen- und Marktplatz Nordfrieslands.

1465 erhielt Husum das Privilegium von 
König Christian I., einen Stadtvogt anzustellen, eigenes Gericht abzuhalten, und die Erlaubnis, sich mit einem hölzernen Pfahlwerk zu befestigen. Schon um 1472 wollten die Husumer Stadtrechte erlangen und beteiligten sich an dem erfolglosen Aufstand gegen den dänischen König Christian I. durch dessen Bruder, dem Grafen Gerhard VII., Graf und Herzog von Schleswig. König Christian ließ 1472 den Ort einnehmen. Durch die Fürsprache des Amtmannes von Ahlefeld und des Stallers Tede Feddersen wurde die Zerstörung der Stadt zwar abgewendet. Aber eine harte Brandschatzung, die Entziehung aller Privilegien, die Exekutierung einer Anzahl von Bürgern incl. der Anführer und die Landverweisung weiterer Bürger vernichtete praktisch den Ort in seiner Blüte. Auch wurde eine harte Strafsteuer verhängt. Mit den Stadtrechten war es vorläufig auch aus.

Herzog Adolf von Schleswig-Holstein-Gottorf sorgte für einige Neuerungen. So gab er 1577 den Anstoß, das Schloss vor Husum zu bauen.

Am 20. April 1630 bekam Husum Stadtrecht verliehen.

1634 zerschlug die „Burchardiflut“ die durch Landwirtschaft reich gewordene Insel Alt-Nordstrand. Husum wurde selbst nicht sehr stark betroffen, aber viele Bauern aus der Umgebung, die regelmäßig zum Markt gekommen waren, verloren ihr Leben, viele Überlebende ihren gesamten Besitz. Der wirtschaftliche Höhenflug war vorerst beendet. Schon die Gründung von Friedrichstadt 1621 wirkte sich auf die wirtschaftliche Entwicklung der Stadt negativ aus.

1807 wurde die im frühen 15. Jahrhundert erbaute alte gotische Marienkirche am Markt wegen Baufälligkeit abgerissen. Die alte Kirche hatte nach vielen Ausbauten allmählich die Größe einer Domkirche mit einem fast 100 m hohen Turm angenommen.

1833 wurde die neue klassizistische Marienkirche, geschaffen von Christian Frederik Hansen, geweiht.

Erst als Husum 1867 mitsamt den Herzogtümern Schleswig und Holstein in den Preußischen Staat überging, begann die Stadt wieder zu wachsen. Dies zeigte sich insbesondere an einer Eisenbahnverbindung, durch deren wirtschaftliche Einflussnahme u. a. einer der größten Viehmärkte Nordeuropas entstand. Der Strukturwandel in der Landwirtschaft führte dazu, dass 1970 der Viehmarkt zum letzten Mal stattfand.

In der Zeit zwischen 1935 und 1945 war Husum Standort der Wehrmacht. Die Stadt besaß ein eigenes Wehrmeldeamt sowie einen Fliegerhorst, auf dem vor allem Jagd-Einheiten stationiert waren. Außerdem unterhielt die Kriegsmarine in der Stadt eine Kriegsschule. Diese befand sich in der heutigen Fliegerhorst Kaserne.